被IUCN收录为极危物种。

云南鲤个体中等，肉质极佳，原为产区常见经济鱼类。自1964年杞麓湖引进外来养殖鱼类后，由于带进了很多小型济鱼类，这些小野杂鱼大量繁殖并吞食云南鲤的卵；加上自然和人为因素影响，水位急剧下降，致使湖中大部分水生植物干枯死亡，破坏了产卵场；再加上污水的排入而使湖泊富营养化，使云南鲤失去了原生存环境。现已多年不见云南鲤的踪迹。